一是破壞了動物的微生態平衡。使用抗生素在殺滅病原菌的同時，也消滅和干擾了動物體內的有益微生物，引起菌群失調而引發各種疾病，并造成條件致病菌過度繁殖而出現定位轉移，引起二重感染和內源性感染。
二是產生抗藥性。使某些動物疾病的治療越來越不理想。而且創造出許多任何抗生素都無法消滅的“超級細菌”。
三是破壞動物生理機能，使動物免疫功能和生產性能下降。
四是藥物在動物體內及動物產品(如肉、蛋、奶)中殘留。
五是通過食物鏈危害人類健康。
六是嚴重的環境(水、土壤)污染。
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