自從國有商業銀行退出農村地區以后，農村地區只剩下農村信用社和郵政儲蓄銀行，經濟增長潛力巨大的農村地區金融供給極度缺乏，農村經濟主體融資困難。2006年12月20日，中國銀監會發布《關于調整放寬農村地區銀行業金融機構準入政策，更好支持社會主義新農村建設的若干意見》（以下簡稱《意見》），提出農村金融改革試點方案，對于吸引民資進入銀行業，緩解競爭不充分，增加農村地區金融供給，有序引導農村資金流動到生產領域，改善農村金融生態產生了深遠的影響。其中，啟動村鎮銀行的試點工作，是現有體制下增量改革，盤活農村經濟，促進農村地區產業結構調整，最終落實到農民增收上的重要舉措。
村鎮銀行的產權結構
《意見》規定，村鎮銀行應采取發起方式設立，且應有1家以上（含1家）境內銀行業金融機構作為發起人。單一境內銀行業金融機構持股比例不得低于20%，單一自然人持股比例、單一其他非銀行企業法人及其關聯方合計持股比例不得超過10%。由此可見，在村鎮銀行發展初期，在承認產權多元化的同時又嚴格限制了村鎮銀行的股權比例，使得主發起行處于控股地位。
2007年1月30日，銀監會發布《村鎮銀行管理暫行規定》（以下簡稱《暫行規定》），其中第三章明確規定了村鎮銀行的股權設置和股東資格。第25條重申，村鎮銀行最大股東或者唯一股東必須是銀行業金融機構。
銀行業金融機構在經營管理、技術支持、產品設計、人才儲備方面固然具有優勢，但過分強調主發起行的地位，會產生新的壟斷，不利于競爭。另外，這種產權結構使得很多村鎮銀行淪為主發起行的分支行，失去了獨立法人所應有的功能，更是受發起行經營目標的影響，成為實現發起行總體目標的一個組成部分，違背村鎮銀行最初設立時服務農村、扶植農業、助力小微企業的初衷。同時，由于主發起行的目標是多元化的經營策略以及搶占農村金融市場，而中小股東更注重通過投資入股涉足銀行業，實現資本的增值，但結果卻是他們只有產權，沒有治權，失去參股村鎮銀行的積極性，一度出現一些民間資本退出村鎮銀行的情況。
村鎮銀行的治理結構
《暫行規定》明確指出，村鎮銀行的組織機構及其職責應按照《中華人民共和國公司法》的相關規定執行，并在其章程中明確。眾所周知，公司治理是一種對公司進行管理和控制的體系，是指由所有者、董事會和高級管理者所組成的一種組織結構，是所有權與經營權基于信托關系而形成的相互制衡關系的結構性制度安排。
在內部治理方面，我國現有村鎮銀行基本上都是發起行控股，發起行所占股份至少51%，有些甚至是100%控股。在這種情況下，公司治理的優勢表現不出來，因為村鎮銀行的管理層基本上由主發起行指派，事實上形成內部人控制，不利于公司治理和相互制衡，而且廣大中小股東的利益沒有被關注，更談不上其他利益相關者的訴求。
在外部治理方面，我國試點村鎮銀行的初衷是增加農村地區金融供給，緩解金融抑制，改善金融生態，促進農業產業結構調整，增加農民收入。而村鎮銀行作為獨立的經濟法人機構，追求自身的效益最大化，履行國家所規定的社會責任的動力不足。主發起行的一股獨大，缺乏成熟的職業經理人市場，中小股東在管理中缺位，村鎮銀行的產品創新不足等，都導致了外部監督和治理不完善。
對村鎮銀行產權結構和治理機制的改革路徑
放寬民間資本進入村鎮銀行的門檻，增加民間資本在村鎮銀行的股權份額。2012年5月26日，中國銀監會發布了《關于鼓勵和引導民間資本進入銀行業的實施意見》（銀監發［2012］27號），提出“支持民間資本與其他資本按同等條件進入銀行業”，并為民間資本進入銀行業創造良好環境；“支持民營企業參與村鎮銀行發起設立或增資擴股，村鎮銀行主發起行的持股比例由20%降低為15%”。雖然做了一系列規定，但現實情況是，民營資本還不能發起設立村鎮銀行，這極大地降低了民營資本參股村鎮銀行的積極性。
建立包括利益相關者在內的共同治理機制。現在的村鎮銀行絕大多數由發起行控制，治理機制也使村鎮銀行淪為發起行的分支機構，這樣既不能保證村鎮銀行服務“三農”的目標，也不能保證中小股東追求資本增值的目標，同時還不能保證治理效率。應該尋求建立包括中小股東、管理者及儲戶在內的利益相關者共同治理的機制，至少保障出資人和利益相關者共同利益的實現，然后通過宏觀政策引導村鎮銀行服務于惠農支農、服務小微的目標。
在財稅政策上支持保障村鎮銀行服務“三農”。現階段，村鎮銀行在財稅制度上沒有優勢。從國家層面上，應該對初設村鎮銀行減免營業稅和所得稅。從地方層面上，應該給予村鎮銀行力所能及的財力和物力上的支持。人民銀行應該給予村鎮銀行相應的支持，使其與農村信用社享受相同的待遇，享受支農再貸款的優惠政策，降低村鎮銀行的存款準備金率，降低村鎮銀行接入人民銀行支付結算系統的成本等。
建立存款保險制度為村鎮銀行的社會信譽保駕護航。在我國隱性存款保險制度背景下，村鎮銀行社會公信力低，吸儲困難，直接影響到村鎮銀行服務“三農”目標的實現。應為村鎮銀行建立存款保險制度，避免農村儲蓄資金外流，為農村經濟服務。也可以考慮通過建立村鎮銀行存款保險制度，為我國顯性存款保險制度試點，為未來民營銀行發展探路。
