2、加強通風。發酵床養填鴨通風通氣很關鍵，在養殖中要充分結合天窗、地窗、卷簾、風機、軸流風機等來加強鴨舍內通風。第一，是靠門窗的水平通風；第二，利用天窗、地窗形成的循環氣流通風；第三，就是機械性通風，利用風機、引風機通風。
3、消毒處理。可在“休床”期進行堆積發酵，進行高溫發酵消毒；或者表面常規消毒，消毒后4天之內不翻動床面。對于空欄期的發酵床，如有需要（如遇疫情）可以正常噴灑消毒劑消毒，不影響發酵床的后期繼續使用。
4、適時翻倒。發酵床如果長期不翻，糞便因分布不均勻很難能被微生物發酵處理，從而影響發酵床的正常運行。一般一個填鴨期（7—10天）內翻到1-2次，或者休床期時進行總翻5、控制密度。發酵床養填鴨的密度不宜過大，每平米應控制在3-4/只。
6、補充墊料。發酵床運行一段時間，由于墊料的啟動發酵以及鴨的踩踏等，墊料會消耗一部分，這樣就需要補充一部分墊料和適量的金寶貝發酵床菌種。一般情況下，一年添加一次菌種，墊料幾個月才略補一點。但始終堅持一個原則就是：填鴨的發酵床墊料一般不能明顯低于40厘米。

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