1、青霉病和綠霉病：是柑桔果實貯運過程中為害最嚴重的真菌病害。常造成大量的腐爛，腐爛率一般為10-30%，嚴重時可達50%以上。發病初期果皮呈水漬狀、軟腐，不久表面出現白霉，中心產生青色或綠色的粉狀霉層，外圍有一圈白色霉帶。兩病往往先后發生，一般是青霉病侵染快，而綠霉病侵染慢，病部在高溫高濕的條件下迅速擴展，致果實腐爛。
2、褐色蒂腐病：病菌自果蒂侵入，初為水學浸狀，逐漸變為褐色，病菌侵入內部后，穿心蔓延到果臍部，有黃色汁液流出，并有惡臭。多發生于貯藏中后期。高溫、高濕易于發病。
3、黑腐病：病菌自蒂部或臍部侵入，果皮呈不規則褐色病斑，果肉最終腐爛成黑色一團。
防治方法：四種病害的防治方法大致相同。防治四種病害應避免在雨后、濃霧或露水未干時采收；各個環節應盡量避免機械傷；貯藏庫可用硫磺熏蒸和福樂馬林消毒；果實采收后1-3天用稀釋500-800倍的托布津或多菌靈加0.02%-0.025%的2，4-D洗果，也可用0.01%-0.02%的桔腐凈或其它藥劑浸洗果實；貯藏期間溫度應控制在5-9℃，相對濕度保持在90%左右，氣溫貯藏時適當提高二氧化碳濃度。
2、褐色蒂腐病：病菌自果蒂侵入，初為水學浸狀，逐漸變為褐色，病菌侵入內部后，穿心蔓延到果臍部，有黃色汁液流出，并有惡臭。多發生于貯藏中后期。高溫、高濕易于發病。
3、黑腐病：病菌自蒂部或臍部侵入，果皮呈不規則褐色病斑，果肉最終腐爛成黑色一團。
防治方法：四種病害的防治方法大致相同。防治四種病害應避免在雨后、濃霧或露水未干時采收；各個環節應盡量避免機械傷；貯藏庫可用硫磺熏蒸和福樂馬林消毒；果實采收后1-3天用稀釋500-800倍的托布津或多菌靈加0.02%-0.025%的2，4-D洗果，也可用0.01%-0.02%的桔腐凈或其它藥劑浸洗果實；貯藏期間溫度應控制在5-9℃，相對濕度保持在90%左右，氣溫貯藏時適當提高二氧化碳濃度。
