據研究，有機肥不只是提供氮磷鉀養分，更重要的是滋長各種菌類乃至于小動物，使得土壤透氣性提高，提供最好的生長環境。把握這個原則作物就能長得健康，抵抗力強，農民根本不用花老本去購買形形色色的“有機資材”。
農業生物多樣性不只強調多樣的益菌、益蟲，同時也講求植物種類的多樣性，以及同一種作物不同品種的多樣性。尋找合適的品種種子是有機農業的第一步。
現行作物品種與70年前相比大有不同。早期農民都自行留種，各鄉鎮的品系可能不一樣。例如臺灣早期稻的品系就有一千種以上。隨著時代的演進，不論是公家研究機構或者私人種苗公司，都雇用專家根據遺傳學學理進行育種，然后將新品種繁殖賣給農民播種。這些品種在施用大量化學肥料的條件下選拔出來；當農民有錢買肥料時，改良品種充分發揮其優點，產量大增，農民喜歡新品種之后就不再留種。綠色革命的奇跡就是化學肥料配合高產品種的成果。不過其后遺癥卻是土壤的逐漸劣化，以及品種數目的銳減。
部分進行有機生產的農民認為，近代育種都是改良場與種苗公司在遠方、化學肥料的環境下育成的，可能無法普遍適合于各有機農場，因此強調找回傳統的地方性品種。可是農民手上已無地方性品種種子，種苗公司也不太會去販賣這些未經“改良”的種子。因此，國外一些機構提倡恢復自行留種的習慣，來選育出適合自己農場小環境的品系。
有機作業的農民選擇哪些品種，實際上牽涉到法規、成本、理念與技術等方面。就法規來講，歐美國家對種苗規定得比較嚴格，品種常需要經過驗證登錄，否則其種子不準販售。而驗證有一定的標準，具特色的地方品種通常難以通過，導致無法買到。這樣的規定原意是要防止農民購買到不良品種，可是卻有違反生物多樣性原則之虞，已不合時宜。因此歐盟就修法免除地方品種的登錄。只要市場需求量足夠，種苗公司就可能有意愿提供。不過理念型的有機農民或許獨鐘地方品種，專業有機農民常以產品為主要收入，成本是重要的考慮，除非向種苗公司購買地方品種或者自行采種的成本差不多，否者還是會選購一般商業品種。
目前的情況是，地方品種的需求不夠強，市場太小而引不起種苗公司的興趣，這兩方面互為因果，難以克服。自行留種又面臨兩個問題，其一是技術上的門檻，留種的技術有難有易，許多蔬果屬于異交作物，農民自行留種很容易產生品種劣化。即使自交作物如豆類也常因不慎而發生品種混雜。再者是品種不易尋獲，高產品種的風行導致地方品種不見。實際上公家育種機構或者種苗公司都擁有不少老品種，準備作為育種材料。這些老品種可能具有特色如香氣風味等，很合適小眾市場。政府有義務將這些取自于民間的材料再度釋放給民間用，配合留種采種技術的教導，讓從事有機農業生產的農民年復一年地篩選種子，作為種源保育的另一股力量。
政府更積極做法是責成農研機構學習有機農業先進國家的“參與式育種”，結合專家的專業與有機農民的需求，讓農民成為育種工作的主角，以期加速育成較多適合各地有機農場環境的品種。
農業生物多樣性不只強調多樣的益菌、益蟲，同時也講求植物種類的多樣性，以及同一種作物不同品種的多樣性。尋找合適的品種種子是有機農業的第一步。
現行作物品種與70年前相比大有不同。早期農民都自行留種，各鄉鎮的品系可能不一樣。例如臺灣早期稻的品系就有一千種以上。隨著時代的演進，不論是公家研究機構或者私人種苗公司，都雇用專家根據遺傳學學理進行育種，然后將新品種繁殖賣給農民播種。這些品種在施用大量化學肥料的條件下選拔出來；當農民有錢買肥料時，改良品種充分發揮其優點，產量大增，農民喜歡新品種之后就不再留種。綠色革命的奇跡就是化學肥料配合高產品種的成果。不過其后遺癥卻是土壤的逐漸劣化，以及品種數目的銳減。
部分進行有機生產的農民認為，近代育種都是改良場與種苗公司在遠方、化學肥料的環境下育成的，可能無法普遍適合于各有機農場，因此強調找回傳統的地方性品種。可是農民手上已無地方性品種種子，種苗公司也不太會去販賣這些未經“改良”的種子。因此，國外一些機構提倡恢復自行留種的習慣，來選育出適合自己農場小環境的品系。
有機作業的農民選擇哪些品種，實際上牽涉到法規、成本、理念與技術等方面。就法規來講，歐美國家對種苗規定得比較嚴格，品種常需要經過驗證登錄，否則其種子不準販售。而驗證有一定的標準，具特色的地方品種通常難以通過，導致無法買到。這樣的規定原意是要防止農民購買到不良品種，可是卻有違反生物多樣性原則之虞，已不合時宜。因此歐盟就修法免除地方品種的登錄。只要市場需求量足夠，種苗公司就可能有意愿提供。不過理念型的有機農民或許獨鐘地方品種，專業有機農民常以產品為主要收入，成本是重要的考慮，除非向種苗公司購買地方品種或者自行采種的成本差不多，否者還是會選購一般商業品種。
目前的情況是，地方品種的需求不夠強，市場太小而引不起種苗公司的興趣，這兩方面互為因果，難以克服。自行留種又面臨兩個問題，其一是技術上的門檻，留種的技術有難有易，許多蔬果屬于異交作物，農民自行留種很容易產生品種劣化。即使自交作物如豆類也常因不慎而發生品種混雜。再者是品種不易尋獲，高產品種的風行導致地方品種不見。實際上公家育種機構或者種苗公司都擁有不少老品種，準備作為育種材料。這些老品種可能具有特色如香氣風味等，很合適小眾市場。政府有義務將這些取自于民間的材料再度釋放給民間用，配合留種采種技術的教導，讓從事有機農業生產的農民年復一年地篩選種子，作為種源保育的另一股力量。
政府更積極做法是責成農研機構學習有機農業先進國家的“參與式育種”，結合專家的專業與有機農民的需求，讓農民成為育種工作的主角，以期加速育成較多適合各地有機農場環境的品種。
