油菜籽是我國傳統的主要食用油原料之一，常在4月下旬至5月上中旬成熟，收獲期短，又是農忙之時，加之梅雨連綿，若不能及時曬干，易引起品質急速變劣。因此，我們應采取科學的貯藏方法。
1．干燥貯藏：油菜籽收獲后應抓緊晴天及時干燥降水，一般以日曬為主，烘干為輔，干燥后必須冷涼后方可入倉。干燥過程中應同時進行整理除雜，以減少帶菌多的灰塵雜物，減輕發熱霉變程度。貯藏時要根據加工的要求和油菜籽的具體情況合理堆存：若含水在10%以下符合加工榨油要求的可矮堆2.5m高，可以存放到夏季高溫前；若需較長時期保藏，水分應降至8%以下矮堆或包裝堆存，供陸續加工榨油；若水分含量為10%-13%，則達不到加工要求，一般只能保存1-3周，應在晴天及時出曬，把水分降到10%以下才能加工和保藏：若水分達13%以上則隨時都有發熱霉變的危險，應立即采取措施降低水分含量。
2．密封缺氧藥劑保藏：油菜籽新收獲時含水量高，若遇陰雨天無法干燥時可采用該方法進行短期保藏。方法是：用塑料薄膜嚴密封閉，2-3周內可自然降氧，積累二氧化碳抑制菜籽本身和微生物的呼吸，從而達到保鮮目的。用磷化鋁片劑按9-12g/立方米標準進行熏蒸，可以殺死和抑制霉菌，防止油菜籽發熱和出芽。注意該方法對油菜籽品質有一定影響，如出油率降低，酸價增高等。
