常規育種方法存在遺傳變異、基因組雜交等局限性，就原理而言，這些局限性可以通過遺傳工程方法（如重組DNA）來克服。利用這些方法，能夠克隆具有確定作用的基因，并以快速而高度專化的方式把它們導入不同的物種中。因此，各種各樣的生物都變成了有用的等位基因的來源，避免了整個基因組的混合。目前，遺傳工程應用的基本限制似乎是公眾對遺傳修飾生物的接受，這些遺傳修飾的生物由基因克隆和轉化方法獲得。
在標記輔助選擇（MAS）育種中，植物育種家利用了農藝性狀和遺傳標記（主要是分子標記）的等位基因變異之間的關聯。標記輔助育種的總體思想是：在育種家可以利用性狀和標記之間的基于連鎖的關聯之前，必須以某種程度的準確性對該關聯進行評價，從而可以將標記基因型用作性狀基因型和表現型的指示物或者預報物。一旦標記性狀關聯得到了可靠的評價，育種家就能通過緊密連鎖的標記來監測性狀基因的傳遞，因此能進行“基因型構建”，即通過周密計劃的雜交和選擇，利用標記基因型作為選擇標準，來構建想要的基因型。
80多年前，人們就已經認識到了遺傳標記、連鎖圖譜和間接選擇在植物育種中的潛在價值。自上世紀80年代DNA標記技術出現以來，已經顯著提高了植物育種的效率。在過去的20多年中，很多育種公司已經在不同程度上使用標記來提高育種的效率。現在，自動化技術方面的進展啟動了標記輔助育種中的一個新方法，稱為“設計育種”。應用基因組學的進展以及產生大規模標記數據集的可能性為我們提供了工具，來確定所有重要農藝性狀的遺傳基礎。現在用于評價重要農藝性狀基因座的等位基因變異的方法也有了，這些綜合知識最終將允許育種家以可以控制的方式把所有這些基因座上的有利等位基因組合起來，得到優良的品種。
正在改變的理念和分子方法為育種策略的改進提供了機會。關于重要農藝性狀基因座的圖譜位置和等位基因變異的只是與可利用的、容易測定的分子標記結合起來，使得優良品種的設計成為可能。DNA標記具有增加可靠性、提高效率、降低成本等優勢，能夠極大地加快品種培育的時間。
將DNA標記用于間接選擇為遺傳率低的數量性狀提供了巨大的好處，因為這些性狀在田間試驗中最難以評價。顯然，由于這種性狀需要廣泛的表型測定，這種性狀的標記輔助分析的研制是困難的，并且是昂貴的。但是，一旦有了估計參數的知識，精心設計的試驗裝置將使得標記輔助選擇工具的利用成為可能，它可以減少到一個主要的范圍。分子標記技術將幫助識別農藝性狀的有利等位基因，把這些等位基因與特定的分子標記相關聯，并通過MAS將它們從一個遺傳背景導入到另一個遺傳背景。
