該法主要用于病原微生物引起的腹瀉。這類腹瀉的特點是有一定傳染性、有共同的臨床癥狀、相同的病理特征。取病料進行實驗室診斷，可檢出病原微生物。對患有一、二類傳染病引起的腹瀉，在選用抗生素等藥物治療的同時，還要采取隔離、封鎖、消毒、緊急接種疫苗等綜合性防治措施，才能取得滿意的效果。常用的抗生素類藥物有磺胺類、呋喃類和抗菌類等藥。