把經過室外前發酵的培養料搬運至室內，通過人工控溫和控氣，使培養料在特定的環境條件下消毒和發酵，進一步提高培養料的專一性和選擇性，使培養料發酵成為更適宜于蘑菇生長的培養基質的過程稱為室內后發酵。
① 原理：后發酵是一個生物化學反應過程，通過各種類型嗜熱微生物的活動，促進堆肥理化性狀發生變化。后發酵可分為兩個階段進行。 第一階段：將堆溫上升至57～60℃，保持6～8小時，這一階段稱為巴氏消毒，其作用一是高溫下將大部分的病原性真菌的酶純熱化，特別是呼吸酶變化致死；二是高溫使一些害蟲（卵、幼蟲、成蟲）的蛋白質受熱變性凝固致死；三是在這一溫度范圍內，為嗜熱有益微生物提供生存活動的環境條件。 第二階段：將菇房的料溫通風降至48～52℃，保持5～7天，菇房空氣溫度不得低于45℃。其作用是一是由于通風降溫，微生物氧的供應狀況得到改善，促進嗜熱微生物類群（包括嗜溫細菌、放線菌和嗜溫霉菌）大量增殖；二是將前一階段后發酵中殘留下的病原菌進一步殺死。
② 形式：根據我國內農村栽培蘑菇的條件，比較有效的后發酵形式有兩種：一是利用菇房床架后發酵，把經過室外前發酵的培養料抖松后搬到菇房床架上（底層和頂層不放料），然后密閉菇房進行加溫。二是利用蔬菜管棚或形狀如蔬菜管棚的毛竹棚，在棚內兩邊搭一層離地15厘米的簡易床架，床架寬大1.5米，中間走道寬1.2米（可以通過一輛小平板車），將經過室外前發酵的培養料置在床架上，堆至高0.8～1米、寬1.5米，料堆中間打一些洞，然后密閉加溫進行后發酵，后發酵結束后，再將培養料搬到菇房床架上。這種形式雖增加一道工序，但后發酵時培養料的溫度容易控制，后發酵質量高，而且節省能源。
③ 操作步驟a.進料的時間：室外后發酵第三次翻堆后，經過兩天，料溫可上升到最高溫，一般在70℃左右，此時便可以進料。 b. 堆床：室外前發酵的培養料必須抖松后才可搬進后發酵房內。培養料搬到床架上后，要注意堆形，盡可能高一些，四周的堆邊要平直，這樣才能便于培養料保溫，發酵均勻。 c. 加溫：培養料進房后把門窗關緊，密閉菇房的各個通氣口。開始加溫的時間以進房后料溫已經自動回升為好，一般進房后6～8小時后開始加溫。料溫上升至57～60℃后，保持6～8小時，然后進行適當通氣降溫，培養料溫度降至48～52℃后，維持5～7天。培養料持溫期間，室溫不能低于45℃，并在這一階段定時進行通氣，防止后發酵室內缺氧而抑制有益微生物的繁殖和生長。后發酵結束后，要及時打開門窗，降溫時門窗要由小到大開啟。 d.調節培養料濕度：如采用蒸汽進行后發酵，則后發酵結束后培養料的含水量稍高，因此，培養料在室外發酵時可掌握適當偏干一些，含水量宜在60%。如采煤爐直接加溫，因為煤爐所產生的干熱會使培養料蒸發掉較多水分，后發酵結束后，可在培養料面上噴一些pH8～8.5的石灰清水，以調整培養料的含水量。
④ 后發酵結束后培養料的標準：色澤呈深咖啡至暗褐色，充分柔軟，柴草有較強彈性，手握料時糞不粘手，并有較濃的料香味，無氨味，有大量白色放線菌和淡灰色腐殖霉菌，含水量65%左右，pH7.2～7.5，無害蟲雜菌。
⑤ 后發酵要注意安全：培養料后發酵時應有兩個人同時值班，防止在加煤時，由于菇房內溫度過高或一氧化碳過多而發生意外。煤爐在菇房內安置要恰當，防止發生火災。
① 原理：后發酵是一個生物化學反應過程，通過各種類型嗜熱微生物的活動，促進堆肥理化性狀發生變化。后發酵可分為兩個階段進行。 第一階段：將堆溫上升至57～60℃，保持6～8小時，這一階段稱為巴氏消毒，其作用一是高溫下將大部分的病原性真菌的酶純熱化，特別是呼吸酶變化致死；二是高溫使一些害蟲（卵、幼蟲、成蟲）的蛋白質受熱變性凝固致死；三是在這一溫度范圍內，為嗜熱有益微生物提供生存活動的環境條件。 第二階段：將菇房的料溫通風降至48～52℃，保持5～7天，菇房空氣溫度不得低于45℃。其作用是一是由于通風降溫，微生物氧的供應狀況得到改善，促進嗜熱微生物類群（包括嗜溫細菌、放線菌和嗜溫霉菌）大量增殖；二是將前一階段后發酵中殘留下的病原菌進一步殺死。
② 形式：根據我國內農村栽培蘑菇的條件，比較有效的后發酵形式有兩種：一是利用菇房床架后發酵，把經過室外前發酵的培養料抖松后搬到菇房床架上（底層和頂層不放料），然后密閉菇房進行加溫。二是利用蔬菜管棚或形狀如蔬菜管棚的毛竹棚，在棚內兩邊搭一層離地15厘米的簡易床架，床架寬大1.5米，中間走道寬1.2米（可以通過一輛小平板車），將經過室外前發酵的培養料置在床架上，堆至高0.8～1米、寬1.5米，料堆中間打一些洞，然后密閉加溫進行后發酵，后發酵結束后，再將培養料搬到菇房床架上。這種形式雖增加一道工序，但后發酵時培養料的溫度容易控制，后發酵質量高，而且節省能源。
③ 操作步驟a.進料的時間：室外后發酵第三次翻堆后，經過兩天，料溫可上升到最高溫，一般在70℃左右，此時便可以進料。 b. 堆床：室外前發酵的培養料必須抖松后才可搬進后發酵房內。培養料搬到床架上后，要注意堆形，盡可能高一些，四周的堆邊要平直，這樣才能便于培養料保溫，發酵均勻。 c. 加溫：培養料進房后把門窗關緊，密閉菇房的各個通氣口。開始加溫的時間以進房后料溫已經自動回升為好，一般進房后6～8小時后開始加溫。料溫上升至57～60℃后，保持6～8小時，然后進行適當通氣降溫，培養料溫度降至48～52℃后，維持5～7天。培養料持溫期間，室溫不能低于45℃，并在這一階段定時進行通氣，防止后發酵室內缺氧而抑制有益微生物的繁殖和生長。后發酵結束后，要及時打開門窗，降溫時門窗要由小到大開啟。 d.調節培養料濕度：如采用蒸汽進行后發酵，則后發酵結束后培養料的含水量稍高，因此，培養料在室外發酵時可掌握適當偏干一些，含水量宜在60%。如采煤爐直接加溫，因為煤爐所產生的干熱會使培養料蒸發掉較多水分，后發酵結束后，可在培養料面上噴一些pH8～8.5的石灰清水，以調整培養料的含水量。
④ 后發酵結束后培養料的標準：色澤呈深咖啡至暗褐色，充分柔軟，柴草有較強彈性，手握料時糞不粘手，并有較濃的料香味，無氨味，有大量白色放線菌和淡灰色腐殖霉菌，含水量65%左右，pH7.2～7.5，無害蟲雜菌。
⑤ 后發酵要注意安全：培養料后發酵時應有兩個人同時值班，防止在加煤時，由于菇房內溫度過高或一氧化碳過多而發生意外。煤爐在菇房內安置要恰當，防止發生火災。
